Das Amt für Stadtgrün und Gewässer weist darauf hin, dass es derzeit im Auensee eine starke Blaualgenentwicklung gibt. Die Leipziger sollten daher den Kontakt mit dem algenhaltigen Wasser meiden, dies gilt auch für Hunde und andere warmblütige Tiere. Die Toxine der Blaualgen können Übelkeit, Erbrechen, Durchfall, Atemnot, Hautreizungen oder Quaddeln auf der Haut verursachen. Die Wirkung kann sich steigern, wenn an mehreren Tagen hintereinander algenhaltiges Wasser geschluckt wird.
Hauptgrund für die Bildung von Blaualgen im Auensee ist der nach wie vor hohe Nährstoffgehalt des Wassers, verursacht durch Altlasten im Bereich des Grundwasserzustromes. Erkennen kann man die Blaualgen an der intensiven grünlichen Pigmentierung des Wassers, zeitweilig auch an den Schlieren an der Wasseroberfläche.
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